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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
04/11/2015 |
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Data da última atualização: |
22/06/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
HONGO, J. A.; CASTRO, G. M. de; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P. |
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Afiliação: |
JORGE A. HONGO, Bolsista CNPTIA; GIOVANNI M. DE CASTRO, Bolsista CNPTIA; LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; FRANCISCO PEREIRA LOBO, CNPTIA. |
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Título: |
POTION: an end-to-end pipeline for positive Darwinian selection detection in genome-scale data through phylogenetic comparison of protein-coding genes. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, London, v. 16, p. 1-16, Aug. 2015. |
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DOI: |
10.1186/s12864-015-1765-0 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract: Background: Detection of genes evolving under positive Darwinian evolution in genome-scale data is nowadays a prevailing strategy in comparative genomics studies to identify genes potentially involved in adaptation processes. Despite the large number of studies aiming to detect and contextualize such gene sets, there is virtually no software available to perform this task in a general, automatic, large-scale and reliable manner. This certainly occurs due to the computational challenges involved in this task, such as the appropriate modeling of data under analysis, the computation time to perform several of the required steps when dealing with genome-scale data and the highly error-prone nature of the sequence and alignment data structures needed for genome-wide positive selection detection. |
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Palavras-Chave: |
Comparative genomics; Evolução Darwiniana; Positive selection; Potion. |
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Thesagro: |
Fenótipo; Gene; Pesquisa. |
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Thesaurus Nal: |
Genes; Genome; Genomics; Phylogeny. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/132445/1/POTION.PDF
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Marc: |
LEADER 01725naa a2200313 a 4500
001 2027912
005 2016-06-22
008 2015 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $a10.1186/s12864-015-1765-0$2DOI
100 1 $aHONGO, J. A.
245 $aPOTION$ban end-to-end pipeline for positive Darwinian selection detection in genome-scale data through phylogenetic comparison of protein-coding genes.$h[electronic resource]
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520 $aAbstract: Background: Detection of genes evolving under positive Darwinian evolution in genome-scale data is nowadays a prevailing strategy in comparative genomics studies to identify genes potentially involved in adaptation processes. Despite the large number of studies aiming to detect and contextualize such gene sets, there is virtually no software available to perform this task in a general, automatic, large-scale and reliable manner. This certainly occurs due to the computational challenges involved in this task, such as the appropriate modeling of data under analysis, the computation time to perform several of the required steps when dealing with genome-scale data and the highly error-prone nature of the sequence and alignment data structures needed for genome-wide positive selection detection.
650 $aGenes
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650 $aFenótipo
650 $aGene
650 $aPesquisa
653 $aComparative genomics
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653 $aPotion
700 1 $aCASTRO, G. M. de
700 1 $aCINTRA, L. C.
700 1 $aZERLOTINI, A.
700 1 $aLOBO, F. P.
773 $tBMC Genomics, London$gv. 16, p. 1-16, Aug. 2015.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 2 | |
| 1. |  | SCHEPASCHENKO, D.; CHAVE, J.; PHILLIPS, O. L.; LEWIS, S. L.; DAVIES, S. J.; RÉJOU-MÉCHAIN, M.; SIST, P.; SCIPAL, K.; PERGER, C.; HERAULT, B.; LABRIÈRE, N.; HOFHANSL, F.; AFFUM-BAFFOE, K.; ALEINIKOV, A.; ALONSO, A.; AMANI, C.; ARAUJO-MURAKAMI, A.; ARMSTON, J.; ARROYO, L.; ASCARRUNZ, N.; AZEVEDO, C. P. de; BAKER, T.; BALAZY, R.; BEDEAU, C.; BERRY, N.; BILOUS, A. M.; BILOUS, S. Y.; BISSIENGOU, P.; BLANC, L.; BOBKOVA, K. S.; BRASLAVSKAYA, T.; BRIENEN, R.; BURSLEM, D. F. R. P.; CONDIT, R.; CUNI-SANCHEZ, A.; DANILINA, D.; TORRES, D. del C.; DERROIRE, G.; DESCROIX, L.; SOTTA, E. D.; OLIVEIRA, M. V. N. d'; DRESEL, C.; ERWIN, T.; EVDOKIMENKO, M. D.; FALCK, J.; FELDPAUSCH, T. R.; FOLI, E. G.; FOSTER, R.; FRITZ, S.; GARCIA-ABRIL, A. D.; GORNOV, A.; GORNOVA, M.; GOTHARD-BASSÉBÉ, E.; GOURLET-FLEURY, S.; GUEDES, M. C.; HAMER, K. C.; SUSANTY, F. H.; HIGUCHI, N.; CORONADO, E. N. H.; HUBAU, W.; HUBBELL, S.; ILSTEDT, U.; IVANOV, V. V.; KANASHIRO, M.; KARLSSON, A.; KARMINOV, V. N.; KILLEEN, T.; KOFFI, J. C. K.; KONOVALOVA, M.; KRAXNER, F.; KREJZA, J.; KRISNAWATI, H.; KRIVOBOKOV, L. V.; KUZNETSOV, M. A.; LAKYDA, I.; LAKYDA, P. I.; LICONA, J. C.; LUCAS, R. M.; LUKINA, N.; LUSSETTI, D.; MALHI, Y.; MANZANERA, J. A.; MARIMON, B.; MARIMON JUNIOR, B. H.; VASQUEZ MARTINEZ, R.; MARTYNENKO, O. V.; MATSALA, M.; MATYASHUK, R. K.; FREITAS, L. J. M. de; MEMIAGHE, H.; MENDOZA, C.; MONTEAGUDO MENDONZA, A.; MOROZIUK, O. V.; MUKHORTOVA, L.; MUSA, S.; NAZIMOVA, D. I.; OKUDA, T.; OLIVEIRA, L. C. de; ONTIKOV, P. V.; OSIPOV, A. F.; PIETSCH, S.; PLAYFAIR, M.; POULSEN, J.; RADCHENKO, V. G.; RODNEY, K.; ROZAK, A. H.; RUSCHEL, A. R.; RUTISHAUSER, E.; SEE, L.; SHCHEPASHCHENKO, M.; SHEVCHENKO, N.; SHVIDENKO, A.; SILVEIRA, M.; SINGH, J.; SONKÉ, B.; SOUZA, C. R. de; STERENCZAK, K.; STONOZHENKO, L.; SULLIVAN, M. J. P.; SZATNIEWSKA, J.; TAEDOUMG, H.; TER STEEGE, H.; TIKHONOVA, E.; TOLEDO, M.; TREFILOVA, O. V.; VALBUENA, R.; VALENZUELA GAMARRA, L.; VASILIEV, S.; VEDROVA, E. F.; VERHOVETS, S. V.; VIDAL, E.; VLADIMIROVA, N. A.; VLEMINCKX, J.; VOS, V. A.; VOZMITEL, F. K.; WANEK, W.; WEST, T. A. P.; WOELL, H.; WOODS, J. T.; WORTEL, V.; YAMADA, T.; HAJAR, Z. S. N.; ZO-BI, I. C. The forest observation system, building a global reference dataset for remote sensing of forest biomass. Scientific Data, v. 6, n. 198, p. 1-11, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 2. | | SCHEPASCHENKO, D.; CHAVE, J.; PHILLIPS, O. L.; LEWIS, S. L.; DAVIES, S. J.; RÉJOU-MÉCHAIN, M.; SIST, P.; SCIPAL, K.; PERGER, C.; HERAULT, B.; LABRIÈRE, N.; HOFHANSL, F.; AFFUM-BAFFOE, K.; ALEINIKOV, A.; ALONSO, A.; AMANI, C.; ARAUJO-MURAKAMI, A.; ARMSTON, J.; ARROYO, L.; ASCARRUNZ, N.; AZEVEDO, C. P. de; BAKER, T.; BALAZY, R.; BEDEAU, C.; BERRY, N.; BILOUS, A. M.; BIOLUS, S. Y.; BISSIENGOU, P.; BLANC, L.; BOBKOVA, K. S.; BRASLAVSKAYA, T.; BRIENEN, R.; BURSLEM, D. F. R. P.; CONDIT, R.; CUNI-SANCHEZ, A.; DANILINA, D.; TORRES, D. del C.; DERROIRE, G.; DESCROIX, L.; SOTTA, E. D.; OLIVEIRA, M. V. N. d'; DRESEL, C.; ERWIN, T.; EVDOKIMENKO, M. D.; FALCK, J.; FELDSPAUSCH, T. R.; FOLI, E. G.; FOSTER, R.; FRITZ, S.; GARCIA-ABRIL, A. D.; GORNOV, A.; GORNOVA, M.; GOTHARD-BASSÉBÉ, E.; GOURLET-FLEURY, S.; GUEDES, M. C.; HAMER, K. C.; SUSANTY, F. H.; HIGUCHI, N.; CORONADO, E. N. H.; HUBAU, W.; HUBBELL, S.; ILSTEDT, U.; IVANOV, V. V.; KANASHIRO, M.; KARLSSON, A.; KARMINOV, V. N.; KILLEEN, T.; KOFFI, J. C. K.; KONOVALOVA, M.; KRAXNER, F.; KREJZA, J.; KRISNAWATI, H.; KRIVOBOKOV, L. V.; KUZNETSOV, M. A.; LAKYDA, I.; LAKYDA, P. I.; LICONA, J. C.; LUCAS, R. M.; LUKINA, N.; LUSSETTI, D.; MALHI, Y.; MANZANERA, J. A.; MARIMON, B.; MARIMON JUNIOR, B. H.; VASQUEZ MARTINEZ, R.; MARTYNENKO, O. V.; MATSALA, M.; MATYASHUK, R. K.; FREITAS, L. J. M. de; MEMIAGHE, H.; MENDONZA, C.; MONTEAGUDO MENDONZA, A.; MOROZIUK, O. V.; MUKHORTOVA, L.; MUSA, S.; NAZIMOVA, D. I.; OKUDA, T.; OLIVEIRA, L. C. de; ONTIKOV, P. V.; OSIPOV, A. F.; PIETSCH, S.; PLAYFAIR, M.; POULSEN, J.; RADCHENKO, V. G.; RODNEY, K.; ROZAK, A. H.; RUSCHEL, A. R.; RUTISHAUSER, E.; SEE, L.; SHCHEPASHCHENKO, M.; SHEVCHENKO, N.; SHVIDENKO, A.; SILVEIRA, M.; SINGH, J.; SONKÉ, B.; SOUZA, C. R. de; STERENCZAK, K.; STONOZHENKO, L.; SULLIVAN, M. J. P; SZATNIEWSKA, J.; TAEDOUMG, H.; STEEGE, H. ter; TIKHONOVA, E.; TOLEDO, M.; TREFILOVA, O. V.; VALBUENA, R.; VALENZUELA GAMARRA, L.; VASILIEV, S.; VEDROVA, E. F.; VERHOVETS, S. V.; VIDAL, E.; VLADIMIROVA, N. A.; VLEMINCKX, J.; VOS, V. A.; VOZMITEL, F. K.; WANEK, W.; WEST, T. A. P.; WOELL, H.; WOODS, J. T.; WORTEL, V.; YAMADA, T.; HAJAR, Z. S. N.; ZO-BI, I. C. The Forest Observation System, building a global reference dataset for remote sensing of forest biomass. Scientific Data, v. 6, n. 198, p. 1-11, 2019.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
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